Le Suprême Conseil de France se tient à l’écart des remous politiques de la IIème république et bénéficie sous le Second Empire d’une relative tolérance. Au cours de cette période, deux évènements majeurs se produisent : - En 1862, le Suprême Conseil doit faire échec à la tentative d’absorption menée par le nouveau Grand Maître du Grand Orient nommé par Napoléon III, le maréchal Magnan. La résistance du Grand Commandeur Viennet est saluée comme une victoire sur l’intolérance, et les républicains rejoignent la Juridiction. - Après la chute du Second Empire, le Suprême Conseil est confronté à la rébellion de certaines loges qui veulent supprimer l’invocation au Grand Architecte de l’Univers. Pour mettre fin à cette querelle, le Suprême Conseil prend l’initiative en 1875 de réunir à Lausanne un Convent Universel. Onze Suprêmes Conseils sont représentés. Ils approuvent un Manifeste conciliant l’affirmation d’un Principe créateur, le respect de la liberté de conscience et le maintien de la devise universelle des Suprêmes Conseils, Deus Meumque Jus.
				Le Convent de Lausanne 1848-1875 Traité d'alliance 1834 (Coll S.C.D.F.) Texte officiel du Convent de Lausanne, 1875 (Coll S.C.D.F.)