Napoléon ne néglige pas de surveiller la maçonnerie au même titre que la presse, et il entend l’unifier pour mieux la contrôler.

Un " concordat " est signé en 1804 : les Rites Français et Écossais s’unissent au sein du Grand Orient de France dont le Grand Maître devient Joseph Bonaparte. Le Suprême Conseil conserve l’administration des Hauts Grades et une possibilité de contrôle des Grands Officiers du Grand Orient.

La Grande Loge Générale Écossaise dépose ses sceaux et archives au Grand Orient.

1805 est une année agitée pour l’écossisme. Le Grand Orient décide la création d’un Grand Directoire des Rites qui est aussitôt dénoncé par les " Écossais " comme une violation du Concordat. Finalement un modus vivendi est trouvé : le Grand Orient initiera du 1er au 18ème degré et le Suprême Conseil du 19ème au 33ème degré.

En 1806, de Grasse-Tilly est rappelé aux armées, et Régis de Cambacérès, archi-chancelier de l’Empire, cumule les présidences de tous les corps maçonniques en France et parvient à maintenir autour de sa personne un juste équilibre entre les Rites.

La première chute de l’Empire, la Restauration, la période des Cent Jours entraînent la confusion dans le monde maçonnique.

Profitant de l’exil de Cambacérès, le Grand Orient reprend sa stratégie centralisatrice alors que de Grasse-Tilly se déclare prêt à gérer provisoirement le Rite Écossais Ancien et Accepté. Il démissionne en 1818 en faveur d’Élie Decazes qui deviendra Premier Ministre de Louis XVIII.

Decazes se consacre à l’unification de la famille écossaise et la réorganise. Après la fusion des Suprêmes Conseils d’Amérique et de France il se retire.

En 1822 se constitue la Grande Loge Centrale du Rite Écossais dont le Grand Maître de droit est le Grand Commandeur du Suprême Conseil. Il en sera ainsi jusqu’en 1894. Le Suprême Conseil gère alors les trente trois degrés du Rite en France.

Désormais, bien structuré, l’ordre écossais va pouvoir se développer et s’affirmer sous la direction de Grands Commandeurs prestigieux : le comte de Ségur, le duc de Choiseul-Stainville, le duc Decazes.